製造、物流、商社を１社で行っているところは？

私の家の近所の和菓子屋さんは、小豆から餡子を製造し、皮も作ってお饅頭を製造して複数の支店へ運ぶ物流をやって、小売りをしていますよ。

会社の近くのおもちゃ屋さんは、おもちゃを企画・設計、製造から他のおもちゃ屋さんへ運んで卸、さらに自社販売もしていますよ。

アイリスオーヤマでしょう。
ニトリは全部自社店舗で売っているのだから「卸」という概念ではありませんよ。自社オリジナル製品を作る小売店です。
ユニクロも同じですね。
アイリスオーヤマは自社で企画して、生産して、物流倉庫を持ち、全国のGMSやホームセンターに卸しています。
製造が自社というのは自社工場を持っているということではありません。
PCとかだっていろいろなメーカーのいろいろな部品をアッセンブルして完成するでしょう、工場が誰のものか、が問題ではなくて、製品に付く製造者名が誰なのか、ということが自分の製品、という意味になります。

回答(1)さんがご提示下さった「ニトリ」の最新の有価証券報告書を貼っておきますので参照なさってください。
企業理念としては、製造から物流、小売りまでを一つの会社でカバーすることで間違いないと思います。
現実には、5/92ページの連結子会社の一覧表、事業系統図をみれば分かる通り、複数の会社がグループとして製造から物流、小売りまでをカバーしていることが読み取れます。
厳密に1社で全部をカバーするという条件なのか、もう少々穏やかな縛りで宜しいのでしょうか？

そのような会社は、小企業ならば、沢山あるでしょう。
年商1000億円以上とか、株を上場しているとかの条件を付けた質問にしないと、具体的に社名を提示してもらっても、全く知らない会社の可能性が高いと思いますが、それでも宜しいのでしょうか？

なお「棚卸」は、製造業、物流業、卸売業でなくても、真っ当な企業活動を行っている会社であれば、業種に関係なくどこでもやっています。

　
ニトリ
https://www.nitori.co.jp/recruit/newgraduate/business/businessmodel/

なお「棚卸」とは在庫の現物とデータの相違を調査する行為で、製造しかしてない企業でも部品、完成品の棚卸を実施してます。