なぜ入る？２枚の板にピッチ50±0.02で、2-φ3H7を空けます。片方の板にφ3h7のピンを2本刺します。

　既に同様の回答ありますが、H7-h7なら組み合わせ次第で隙間が空くので入ります。
　さらに言えば、おそらくピンは既製品をご使用だと思いますが、以前数十本単位で調べた経験上、ピンは極めて高精度に公差の真ん中辺りで仕上がっています。
　まあこの辺りはメーカー次第、ロット次第の側面も強いでしょうけど、少なくとも太目ギリギリでは仕上げていないはずです。
　その辺りのトータルでクリアランスが生まれて入るケースが多いです。

　また、実際に鉄板とダイヤルゲージ辺りを揃えて試すと分かりますが、焼き入れ等の入っていない生鉄を0.01mm変形させるのは結構簡単です。
　仮に組み合わせ的に隙間がなかったり、むしろマイナス目(干渉方向)に仕上がっていても、ご推測のように変形して入ってくれます。

ご質問の心配事は、(1)穴とピンの径の関係、(2)穴とピンのピッチの関係のいずれでしょうか？
(1)については、前の回答者さんがご回答の通りと思います。
(2)については、穴とピンの隙間を超える穴ピッチの寸法差に対しては、ご質問に記載なさったとおり、多少なりとピンが曲がって入っていると考えることで宜しいかと思います。また、寸法差次第では、2枚の板を密着させることが困難な場合が生じるかもしれません。
ピッチの公差絶対値を、2枚の板で独立に設定するのではなく、加工法の工夫をすることで、相対誤差を少なくすることは可能と思います。

すーっと入るときと、ぐぐっと圧入みたいに入るときがあると思います。

すきま嵌めだから入る
ゼロゼロでも軽く叩けば入るし
普通は加工は公差の真ん中狙いにて隙間は出来る
https://www.mikipulley.co.jp/JP/Services/Tech_data/tech06.html

　
Φ3H7は＋0.012、－0
Φ3h7は＋0、－0.012
片側で最大0.024mmの隙間が軸と穴にある
　
隙間が無い場合は穴か軸が変形して入る