PCIe/PCI接続のADボードのクロストーク特性

もちろん未使用のチャンネルにはショートプラグが付けてあるんですよね？
もともとスペック内の範囲であれば製品の出来で済まされてしまう問題かと
PCI時代のボードの方が金かけて設計とかしてた可能性高いですし。

対策としては
（１）制御装置側の出力にアッテネータを噛ませてケーブルを伝送するシグナルレベルを下げる。（測定精度とのかねあい）
（２）有効帯域でフィルタリングしたりトラップフィルタ－を入れてクロストークノイズを減衰させる。（時定数や波形歪などの影響とのかねあい）
（３）ノイズ除去プログラムでAD変換後のデータを処理して取り除く。最近だとこの方法で調整することも多いかと思います。（コストや利便性とのかねあい）

本件は↓のような計測ボードですよね？
http://www.ni.com/ja-jp/shop/select/multifunction-io-device
https://www.contec.com/jp/products-services/daq-control/pc-helper/pcie-card/dio-32dm3-pe/feature/

一番の問題はチャンネル間絶縁ボードか？否か？でしょうかねぇ
以前のボードがチャンネル間絶縁で、新しいボードが非絶縁ボードならほぼ必ず誤動作する
所謂、アナログ回路のノイズの回り込みによる
恐らくPCI-eのデジタルバス云々の問題では無いでしょう

何しろ非絶縁ボードは安価だからねぇ　＜ 安いには理由が有る

https://contec.e-srvc.com/app/answers/list
https://www.orixrentec.jp/helpful_info/detail.html?id=18
http://www.miyazaki-gijutsu.com/series2/noise092.html
https://www.m-system.co.jp/mstoday/plan/mame/b_electric/9712/index.html

続き
http://www.kogures.com/hitoshi/webtext/hs-shuhen-interface/index.html

ＰＣＩ（パラレル）　ハンドシェイク　上り下りは同じバス

PCI Express（シリアル）シリアル通信　パケットで送っておるので　エラーが出たら使い物にならない　上り下りは別のバス

どのレベルでのプログラム　なのかわからない

https://ja.wikipedia.org/wiki/PCI_Express

PCIはハンドシェイク　双方向でないので起こらない
PCI-eは送信／受信を分離した全二重方式　

双方向なので起こるかもしれないが　
起こったら使い物にならないので　
ちゃんとしたメーカーなら起こらないと思う

PCI-eはしかも界王拳を使っているので　
起こったらエラーはきまくりだ思うが

マザボ交換か補助電源使ってれば電源を変える
またはADボードが不良品