Rcネジの長さについて

Rcネジ長さについて教えてください。
図面にRc1/4長ネジ深さ21Lと記入しているのを見落として
Rc1/4のネジをチップで12.5L切ってしまいました。（チップで長ネジPT加工をしたことがないため）
タップでネジを切る場合、長ネジ形PTと短ネジ形S-PTとISOタイプRcの３種類あるのは知っていましたので以前はS-PTのタップでネジを切っていましたが(ネジ長さ21L)山飛びが時々発生したのでS-PTに変更(ネジ長さ12.5Ｌ）、そして現在のチップでネジを切る（ネジ長さ12.5L)形に落ち着きました。
ネジ切りをボール盤加工からNC旋盤加工に変更しました。
出来上がりのネジはネジゲージで確認して適切だと判断しております。

今回、納品時にその旨を伝えて確認してもらったのですが
「図面に不適合なのでネジの長さを長くしてください（長タップで追加工する）」と言われました。
理由として「オスネジが長い場合がある」という返答でした。
「オスネジをバイスで切ろうがチップで切ろうが基準径が決まっているのでオスネジが長ければ不良品となり、オスネジが長い場合は不良品なのでは？」
と聞きましたが受け入れてもらえません。
そこでお聞きしたいのですが、Rcネジにネジ長さを記入されていた場合、それを守らなかったら、ゲージに適合していても不良品扱いになるのでしょうか？