MGPガイド付シリンダでフルストロークの途中停止する方法

精度と拘束力と設置スペースと予算によって異なるかと。

1mm以下の精度となると、そもそも空圧では無理があります。
FS50％で停止できたとして、どれほどの外力が加わわって、もし動いてしまった場合は、動いた量だけ元にもどす必要があるのか。（微小位置制御）
直交方向に別シリンダーを設置し、強制的にロックする（例：安全ピン）
FSが50%のシリンダーを二段連結する。

50mmの位置精度がほしいなら、外部にストッパ機構を設けることを検討された方が良いです。
100mmまで動かしたいことがあるなら、そのストッパを可動式にする必要があります。
手で逃がしても良いですし、別の動力による駆動も良いですし。
上下動作で双方の停止精度が必要なら
0→50用のストッパ(下降用)
100→50用のストッパ(上昇用)
構造上、こうなる可能性もありますね。

50mm付近の適当な場所で良ければ、回答(3)様の方法でも。

ちょっと高級ですが、空気圧でも油圧でもなく　サーボ的な駆動方法もあります。
装置全体の制御方法からの検討が必要になりますけど(単なる参考です)


多くの設計に関するご質問を投稿されておられようですし、親切な回答も得られているようで何よりですが
設計思想を聞かれたときに「ネットで聞きました」と安易に答えないでください。
回答者の方々はあくまでも親切心で、困ったことを解決できるようにアドバイスをしているにすぎません。
責任を負うことはできません。
鵜呑みにしないで、熟孝をお忘れなく。

それと図面を時々アップされていますが　コンプライアンスは大丈夫ですか？
図枠や会社名が写っていなくても、見る人が見ればわかってしまうリスクはありませんか？

0~50の往復にしたいというなら機械的にストッパーをつけるのが良いでしょう。
プレート進路上にピンを立てる等シリンダ推力に耐えられる構造でシリンダの動きを制限します。
通常だとガイドにセットカラーをつけるのが簡単ですが、MGPシリーズだとガイドが本体に
もぐりこむことがあるようなので、外部に設置することになると思います。

0~50の時と0～100の時を使い分けたいのであれば、オートスイッチ用マグネット入りシリンダを使い、
3位置プレッシャセンター型の5ポート弁で駆動することで中間保持ができます。
(3位置クローズドセンター型でも可、位置保持精度に優れるが長時間保持には向かない)
https://www.originalmind.co.jp/special/valve/

MGPシリーズは標準でマグネット入りなので、オートスイッチを中間停止位置に取り付け、
オートスイッチ作動位置では5ポート弁の両ソレノイドへの通電を停止するような制御系を
組みます。

空気圧シリンダーなので、電磁弁での中間停止はできません。外部ストッパーを使うしかないでしょう。

普通にストッパーを設ける