半導体業界特許とは？

想像ですが、主力企業間で、特許の相互利用を認めるアライアンスができているのではないでしょうか？
複数のクロスライセンス契約によって、一定の範囲で相互に他社の特許を利用することを認めているのかもしれません。

#1の方が特許侵害で無い理由を挙げられており、その通りだと思います。

LDD構造に限ると、例えば下記モトローラの特許があります。
https://patents.google.com/patent/US4753898A/en?oq=US4753898

この特許は2007年に有効期限が切れており、LDD構造は1987年以前に知られていたことが判ります。また、この特許自身がLDD構造の作り方なので、LDD構造そのものの権利があるとしてもこの特許より前のものであることが判ります。

特許になる考案は、ものと方法の２通りです。LDD構造はものにあたり、それを作るプロセスが方法です。ご質問の文ではこの２つを同等に扱われていますが、この２つは別物です。構造そのもので特許の権利化は先行事例に対してプロセスより新規性を示すことが困難なケースが多いです。プロセスの特許は特許侵害を明らかにすることが困難なこともあります。（侵害は、侵害されたと提訴する側が証明する必要があるため）

いずれにせよ、LDD構造に関しては相当前に権利化がなされていたとしても期限が切れています。プロセスについても一般化されている可能性が高いです。また、半導体を作る会社はほとんどが大きな投資をしているため、特許侵害をして製造するリスクを取る意味がない（リスク評価できる環境にある）から特許侵害の問題が余り聞かれないのだと思います。

考えられる理由は
特許期限が過ぎている
特許使用料を支払っている
LDD構造は大学等で発明されたもので、有効利用してもらう為に敢えて特許を取らないで公開した
製造機械メーカーが特許を持っており、この機械を使用している為に問題はない
等がありますが経緯を調べてみてください。