Raspberry Piへの逆起電力対策について

>- なんとなく皆さんのご返答で理解が進んでいるのですが、kisinaitui様のおっしゃられているダイオードで分離してという部分がうまくイメージできていないです。
>- 電源ラインにはコンデンサとダイオードについては試しているのですが、ダイオードで分離という部分についてお手数ですがもう少しご説明いただけないでしょうか。

マイコンの基盤からモーター制御が信号なのか直接電力で制御しているのかわかりませんが、

大雑把に添付のような感じです。
電源だけで、制御信号線入れていません。

マイコンの基盤の中でモーターを直接電力制御で制御しているのなら、回路基盤上で、CPUの部分を切り出して、ダイオードで回路を分けてコンデンサを入れれば良いです。
リレーなら問題ないでしょう。ただ、リレー制御電源は、モーター側から撮る必要があります。

単純な考え方で、ダイオードで分離すれば、コンデンサにたまっている電力は、モーター側に逆流して流れませんので、コンデンサにたまっている電力の分までは、電圧が落ちても、マイコンは生きていられるわけです。

一瞬の高負荷で電源側が落ちる場合などに使える単純な分離の方法です。

Servo ｘ6 も使ってるので
根本的には電源を大きくするしかないです

電源の電流を大きなものに交換する。

モーター停止時に問題が起きていないなら逆起電力ではなく、突入電流の問題と考えます。
この場合はダイオードやスナバー回路(コンデンサ+抵抗)は意味を成しません。
突入電流のエネルギーを供給しきれるだけの大容量コンデンサを搭載するか、電源分離しかないです。

一応、長期運用で無く、消費電流の少ないラズベリーパイ0,1であればラズパイ電源にモバイルバッテリーを中継させて非常電源扱いにするっていう方法があり得ます。

回答(1)です。
モーターの起動電流による電圧降下の問題であれば、現象が理解できます。
電源を分けるのが望ましいのは他の回答者さんがご指摘の通りと思います。

どうしても1つの電源としたいなら、
(1)モーターの起動電流を下げるか、(2)電源電圧を低下しにくくするかの
いずれかです。

(1)の方法
・モーターの立上がりを遅く設定する
・モーターに電源を供給する経路に、起動電流を制限する抵抗器を設け、
　回転数が上昇後に短絡する回路を設ける
(2)の方法
・もっと大きな容量の電源に交換する
・電源回路の過電流保護機能を無効（低減）にするように改造する

いずれの方法もデメリット（副作用）がありますので、得失を勘案して
選択してください。