マザトロールとEIAの併用中のフリーズ現象

最近弊社に導入したのですが加工途中に「フリーズ」してしまいます。
縦型旋盤でマザトロール（sumoosG）とEIA（メルダス）の両方使えるタイプです。
バリ対策と仕上がり具合の都合で、対話のみでは同一工具での加工ユニットが増えすぎる（あっちこっちからの加工になる）し、工程入れ替えで事故のリスク（加工者の技量の問題）があるので、メインがマザトロールでサブでEIAを呼び出しながらのプログラムで加工しています。
ここで表題の問題が起きてしまいました。
加工途中でフリーズしてしまいます。
しかも、毎回ではありません。普段は何事もなく加工を行うのですが「あれ？まだ終わらないぞ？」と思って見に行くと主軸回転したまま座標が動いてない、スタート＆ストップボタンを押してもランプが変わるだけで何も起こらず。
リセット押してリスタートすれば加工開始していきます。
フリーズ場所は、サブでEIA呼び出し加工中の「，R」の所（毎回同じ場所ではない）で止まってます。「ならば，R使うな」となりますが「ならば最初からその機能いれるな」となりますし、プログラムが間違ってるならそもそも加工できないのでプログラムが間違ってるとは考えずらいです。
メーカーが来てデータ解析の結果は「再現しないし原因不明」でした。
大体１０日か二週間に一回の頻度で出る現象ですから予想はしてましたが、メーカ曰く「マザトロールとメルダスの相性が・・・云々」と言い出し、でも実際は加工出来るし「機械の仕様外の使用はしてない」ので、もはやこの機械は欠陥品ではないのか？と疑ってしまう始末（確かに搬入当初から変なアラーム出ていきなりサーボ替えたし）
　「そんなおかしなプログラムで加工するな」という空気が社内で出てきました・・・
　ミーリング加工は断然マザトロールが楽ですし、旋削加工はEIAが楽ですから今後もこのスタイルで加工したいです。
　皆さんはこのような「怪現象？珍現象？」のときはどのような対策＆対応しているのでしょうか？
「マザトロールのみで何とか作れ」や「EIAだけで作れ」は最後の手段にしたいと思います。