50×50×1300の角パイプを直角に加工する方法はある？

私が以前指輪用金とプラチナ丸管(全長2400mm)を直角度とダレが小さく歩留まりが良い切断(刃物だと切削代が出る)を行った方法は参考に成るかもしれません。
普通縦型プレス用　板厚の半分横移動後、下降せん断カム式金型(切断面がダレとバリが小さい)を作る□棒芯金型2個と□枠型2個　管両側穴に□棒芯金型を挿入、管外面に□枠型を挿入する。型が齧らない用に後部にガイドストッパ－付き、切断長さ調整式ゲ－ジストッパ－付き、せん断面は想像より綺麗と思います。型機構は説明し難いので申し訳有りません。

王道はほかの皆様が出していますので邪道で行ってみます。

どのくらいの直角度が必要かによりますが目に見えるレベルで斜めなのを大体直角にする程度ならフライスに掴んで切削を4回に分けるといった方法もとれそうです。
エンドミルが短くて済みます。

1面切削したら上面が手前に来るように回転させる。
　↓
手前にある切削済みの部分を基準(刃がふれるかどうか音で判断）にして切削
　↓
以下3回繰り返し

といった方法です。

クランプはパラレルバイス2台使用とかできればいいですがなければ
適当な机＋板＋アジャスタパッド＋滑り材で簡易治具を作るとかが考えられます。
100均のキャスター＋高ナット＋寸切りボルトとかもいけるかもしれません。

あと、精度的に無理な可能性が固いですがはケガキをしてディスクグラインダで修正とかも一応は考えられます。

↓参考urlにあるように、角パイプの切断を高速カッターで行なうのでは精度上
もどうしてもメタルソーには敵わないから、直角度などの精度を要求されるTIG
溶接等をするなら尚更、切断機自体を考え直した方が良い頃かもしれませんね

(1)氏回答に追加。

フライス盤＋φ20ソリッドエンドミルで如何でしょう。
50mm切込みでもL/D=2.5ですので、4枚刃でも何とかなりそうです。

φ20ハイス(コーティング)/4枚刃/刃長56mm　\6,690
http://jp.misumi-ec.com/vona2/detail/110600211550/

φ20超硬(コーティング)/4枚刃/刃長60mm　\22,000
http://jp.misumi-ec.com/vona2/detail/110600003310/


ワークをバイスでクランプして高精度加工をしたいときに便利な
魔法の口金
http://www.ts-com.jp/mahou/index.html
を使うと信頼性が向上します。

(2)氏の??＝質問内容　であり答えにもアドバイスにもなっていない

５０ｘ５０の角パイプの端面にネジ穴のついた５０ｘ５０の蓋を直角にアーク溶接するでＯＫですか。
パイプと蓋を直角にセットするＪＩＧで仮溶接し、それから本溶接では駄目ですか。少々の斜めきりを無視するわけですが。
もっともこの現状の改善の投稿でしたらごめんなさい。
宜しく。