大きなサイズのボルトとは？

正確な回答ではありません。
理由は簡単で、根拠となる規格が有料なので入手不能だからです。

一般的に言えば、ＪＩＳは汎用品向けの規格でして特殊品については
購入側もそれなりの知識を所有していると考えられていますので、
ＪＩＳで決める必要がないと考えられたに違いありません。

六角ボルトの規格では、ＩＳＯで　hevy hex　としてボル及びトナット
相方について規格のあるのは
　　Ｍ３６までです。
なお、ボルトだけに限るとＭ１００まで規格があります。

従って想像ですが、
ボルトナットを一括して考えれば、Ｍ３６あたりまではＪＩＳ規格に入れ、
Ｍ３６を超えれば寸法だけを規定したので十分だと考えたのではないでしょうか。

種々の国家で、汎用品としてどのような大きさのボルトを考えるかという
考えをまとめて反映したものがＩＳＯでこれを考慮したうえでＪＩＳが
制定されていると考えられます。

従って、お尋ねのような技術的な理由はないと存じます。
このように述べた根拠であるＩＳＯについては資料を参照下さい。