十字穴付きなべ小ねじと六角穴付きボルトの使い分け

六角穴はボールポイントレンチで仮締めできる一方、十字穴はキーがまっすぐ立たなければならない、
というのもありますね。
L字形の十字キーレンチというのもありますが、早回しできません。
ボールポイントレンチなら10°くらいは傾けられるでしょう。
ドライバーのグリップが干渉する様な壁際で考えなければならない事です。

また、ねじを組み付ける際に、十字穴に比べて六角穴の方がドライバーから落ち難い、という場合もあります。
十字穴は磁力で吸い付けても他に保持具を使用しないと安定しないケースもありますし、
ステンレス製のねじには磁力が効きません。

なべ頭に限定しなければ、例えば
六角穴付きボルトは座面が比較的小さく、少なからぬケースで座金が必要になる一方、
十字穴はトラス頭なら座面が比較的大きく、殆どの場合、座金を必要としない。
とか、という観点もありますね。

なべ頭の六角穴付きスクリューなんかもあるので、色々ですけど。

全てではありませんが参考までに。

> 十字穴付き小ねじと六角穴付きボルトの
> どちらが適当でしょうか

それぞれの特徴で考える必要があります。

十字穴付き小ねじ：
　長所
　　複数サイズが同じ工具で締め付けられる。(例：M3-M5)
　　トラスやバインドを使えば出っ張りが少なくできる。
　短所
　　なめやすく強い締め付けが困難、また分解不能になる危険有り。
　　カムアウトしやすくトルク管理は難しそう。

六角穴付きボルト
　長所
　　強い締め付けが可能。
　　トルク管理しやすい。
　短所
　　サイズごとの工具が必要
　　価格は若干高い

以上から、大まかには以下の様になると思います。

1.強い締め付けやトルク管理、確実な分解が必要なら六角穴付きボルト
2.上記条件が不要で複数サイズのねじを多数使う場合は十字穴付き小ねじ
　(電動ドライバーで組立出来るので組立時間短縮がはかれます。)
3.それ以外の場合は価格又は在庫状況で判断


ねじのサイズ(太さ)については出来る限り太めに統一しておくと組立や部品管理は楽になるのでお勧めです。
しかし、実際にはスペースの都合や部品代をケチるために細くせざる得なかったりします。

ねじナットの組み合わせを使うのは以下のような時くらいだと思います。
ナットの固定が面倒なので多用すると組立時間がかなり増えます。

1.ねじが切れない薄物や軟質材料の締結時
2.長穴の組み合わせで組み付け時の取り付け誤差を吸収したい時
3.フランジの様に取り付ける相手が不定の時
4.締結物が回転や移動できる様に隙間を残しておきたい時
　(ダブルナット使用)

十字穴付きなべ小ねじと六角穴付きボルトの使い分けは、
◆ （頭部の）見栄え
◆ （頭部の）引っ掛かり性
◆ 締付トルク（色々な規定があります）
等で判断します。

六角穴付きボルトにはUS材等もあり一概には言えませんが、一般には黒染め
処理した強度区分10.9や12.9が使われています。そのため締付トルクも大き
く設定できます。十字穴付き小ねじはもともと自動化締付けを目的として
おり、電動ドライバー等で締め付ける場合が多いと思います。構造上、大き
な締付トルクは与え難いので、ねじ材用も六角穴付きボルト（ソケットスク
リュー）に比べ軟質の材料（強度区分4.6など）が一般的です。
下記資料を参照下さい。

ねじは材料やメッキ等の表面処理が多様であり、外観形状だけでは一区切り
で述べれないところが有ります。汎用品に限定すれば、概ね(4)さんの表現に
賛成です。

> どちらが適当でしょうか。
必要な軸力、部材の材質、工具スペースの有無、量産性と整備性　等々、
条件が千差万別で、何とも言えませんね。
ものにより、どちらも数多く存在します。

> 上記の用途にボルトを使用することはおかしいでしょうか？
何にも、おかしい事はありません。

諸条件を勘案し、決定するのは貴方です。