ISO M3-0.5 2級ネジの内径公差について

加工はCNC旋盤とか複合加工機でしょうか？
もしそうであれば、シンクロタップホルダなどの使用もご考慮されてみてはいかがでしょうか。

回答（２）の者です。

貴殿が言われる様に、工場の方より連絡が入り、タップ内径2.6以内を厳守
して加工をするとタップがボキボキ行くらしいです。

に関してですが、ステンレスのSUS304なら粘り強いし硬いので、SS400の
ような条件では、タップは折れると思います。
因って、
? 特別救済措置を客先に依頼して、めねじ内径を2.6*mmまで可とする
　 文章をもらい、加工する。
? SUS304より多少防錆が落ちますが、SUS303でも可とする文章を客先
　 からもらい、タップが折れ難い材質に変更する。
? タップ加工条件を見直し、油（グリース）の種類も見直し、タップが
　 折れ難い加工をする。
　 <?と?を確認して、客先からNOであれば、その内容を工場に伝えて、
　 時間と手間が掛かっても加工して下さいと工場に依頼下さい。そうする
　 と快くとまでいきませんが、加工してくれます。>　

JISの6Hクラス(いわゆる2級)だと
M3内径は2.459～2.571なので2.60が通れば十分NGですね.
ただ、そうは言っても、M3の様に細い穴だと
タップ、少なくとも切削タップに関しては、
被削材種によっては下穴が若干大きめでないと
どうにも折れまくって話にならない事もあります.
実際、快削鋼みたいなものでも、
M3のタップは容易に折れてくれます.

仮に内径が2.65でもひっかかり率65%は確保され、
ひとつ下の7Hクラス(いわゆる3級)であれば
内径は最大2.639まで認められますので、
せめてこのあたりまでは認めて頂くべく
交渉の余地はあるんじゃないかと思います.
有効径に6Hクラスの精度がどうしても必要という事であれば、
“6H7H”(=有効径6H,内径7H)の様な変則的な指定も可能です.

ちなみに、タップの精度等級とねじ規格上の精度等級は別物です.
タップの精度等級は主に、タップに径の調整機能がないために、
実加工寸法を増減する目的で用意されています.
例えばOSGのOH3クラスはあくまで
より標準的なOH2よりも一段大きいというだけで、
JISの6Hの最大径よりは小さくできています.
標準よりも一段大きい、“オーバーサイズ”と呼ばれるものは、
例えば事後にめっきなどの表面処理を施す場合などに採用されます.

ちなみに、ねじはとくに注意書きがなければ
はめあい精度“中”の等級(旧2級、めねじは一般に6H)が
採用される事が多いです.
図面中に書かれていなくても、
別の書類などで暗黙に指定されていたりします.
旧1級相当の等級は、主に研削仕上げのねじに採用されます.

また、市販のボルト類は旧3級相当のものが多い様です.
(これを考えると、内径に7H相当の公差を適用してもらう交渉の余地はあるのではないかと思えます.)

今一度、加工工程のチェックが必要です。

下穴のドリル寸法が基準内でも機械や刃物・加工法などで大きくなることがある

タップの精度等級(ＯＨ)でも標準で ＯＨ２が一般的だが
超硬のタップには ＯＨ３が標準の物もあります。

2級ねじの精度を求められているならＮＧとなる

インサートを入れるなど 何等かの救済処置を御願いするのが良いのでは？

以下に示しますURLにねじ下穴データが以下の如くあります。

メートル並目ねじ下穴径

ねじの呼び　　下穴径最小(ひっかかり率)　　下穴径最大１級、２級
M3.0×0.5　　　2.46 (100%)　　　　　　　 2.57 (80%)、2.59 (75%)

因って、下穴径最大２級のφ2.59mmより大きい、φ2.6mmが入ると、
ひっかかり率が75％を切るので、ＮＧとなります。
雄ねじと雌ねじのひっかかり率は、強度的にも重要なポイントなので。