純水を非金属に通す方法とは？

無電解ニッケルメッキはいかがですか？
Ni-Pメッキで、一般的にカニゼン(R)メッキと呼ばれています。
業者さんのレベルにもよりますが、アルミにも密着良く、１０ミクロン以上キッチリメッキできれば問題なさそうな気がします。
ただし、マニホールドの形状や長さによって皮膜の欠陥検査ができないので、信頼のおけるメッキ屋さんを探して、協議して決める必要があると思います。
純水ラインで使用されているかどうかは情報がないので判りません。
中途半端ですみませんが、金メッキよりはコスト安いと思います。

内面ライニングは如何ですか？

金メッキは使用した事がありますが、ピンホールテスト等と金自体のコスト
を考慮すると、貴殿の要望をクリアするか否かは？です。

腐食等で、金属粒子やイオンが純水に溶け出すと、純水ではなくなります。
SUS316等は、表面に強い酸化皮膜（不動態皮膜）を形成しますし、金は腐食
しない不活性物質なので使用ができます。
ニッケルクロム鍍金は、試した経験はありませんが、長期間使用すると水流
等の物理現象等々で純水に溶け出すと電気的問題が生じるので、候補にも挙
がりませんでした。
水道水は、人体に影響がない範囲なので問題がないと考えています。
人は、ある程度“鉄分”や“亜鉛”等を摂取しますから。

細くて長い穴は、テフロンコーティングやライニングが難しいし、その確認
方法であるピンホールテストも難しいので、金の部分鍍金も難があります。
SUS製パイプを這わす方が無難ですよ。

無機被膜処理はいかがでしょうか
御参考までにHpです

無機被膜で　表面は　si　テフロンでは　内径側は不可能ですが
無機被膜は可能　アルミに対しての処理も可能
だと思います。
断片的に成りましたが。