フライス加工の仕上げ面について

まず、ボルトの緩みのチェックでしょうか。
＊サイドベッド、ベッド、コラム、クロスレール、サドル間の取り付けボルトの緩み
＊レベリングジャッキが遊んでいないか？
＊ラム摺動面押さえギブ磨耗によるガタツキ
＊ヘッドストック、ラムストック主軸周りのボルト緩み
＊工具クランプ力低下
etc
移設後、どのような調整工程を踏んだか分かりませんが、何かが遊んでいるんでは・・・

No.23957 φ１２５のフルバックでの平面削りで発生する境界筋
上記が参考になります。（多分　回答 2 さんが言いたかった事）

他の方の意見同様、移設前の主軸の倒れに戻してやる事ですね。
但し、後刃が引く（ひっかっく）のは機械として正常です。（程度による）

＞またどうしても真ん中が凹み気味になるのですが
多分、移設前はもっと凹になっていた筈です。

機械の主軸の振り回し精度も大事ですが、水準器（レベル）を載せて、
テーブルを前後・左右に動かしてのレベル確認も必要です。
個々の機械によってレベルの出し方も変る場合があるのでメーカーに問い合わせてください。

参考的に、大雑把なレベルの出し方を説明しますと
ベット型の場合６点又は８点支持が多いですが、
静止状態で四隅にて水平を出してから、サドル下（Ｙ軸）の支持ボルトの片方を
Ｘ軸方向で0.02（一目盛）上げて次にもう片方を上げて 0 にします。

＞機械は門型の5面加工機なのですが、メーカーは5面加工機は主軸を倒さないほうが良いと言っていたのですが

　■メーカーの言う通りだと思います。
　Ｃ型コラム（一般の立形）と違い切削方向の自由度が高い分、他の加工に影響がでてきます。

＞ミストを使った際削った面が大理石のようにムラのある見た目になって
しまうのですがこれは普通のことなのでしょうか?

　■何等かのビビリが発生していると推測します。
　ワークと刃物の間で切削時にワークに模様として現れる共振振動が発生していると思います。
　対策はワーク・機械（刃物）の剛性を上げるか、共振しない状態にする事
　例えば、柔らかい銅などを敷いてクランプするとか。

＞真ん中というのは箱の製缶もの足の無いところが
凹むということで、以前よりは凹みが激しいような気がします。

　■切削抵抗による逃げか、加工歪だと思います。

１番さんに一票
条件を換えたのが設置ならそれが一番疑われるでしょうね

１ヶ月以内に類似質問があったのですが探せません。
後刃でのひっかきは、機械精度の問題であって、刃を工夫しても直らないと思います。

逃げ角が90度、45度、15度というのは、コーナ角のことでしょうか？

下記資料では、『薄肉構造物など剛性のない被削材を平削り加工する場合には、コーナ角15°の正面フライスを推奨します。』とありますから、この場合の仕上げに適しているように思います。
『技術情報』→『コーナ角（ＣＨ）と切削特性』

?据え付け後に機械本体のレベルを正確に出しているか?機械の据え付けボルトがすべて床に当たっているか
?床の地盤が緩くて機械の振動が床に伝わっていないか

以上を確認してください
?は水準器をテーブルにのせてXY方向の傾きを確認　調整します
?はボルトの下に敷く板をたたいて動くようならボルトが浮いていますので締め付けます
?は地盤に問題があるので場所を変える必要があります

ほかにも移動時の衝撃でジグのゆるみが発生している可能性があります
ジグの取り付けボルト、クランプ、基準面の増し締めを行うこともおすすめします