マスターCAM９の保護領域について

ウチではあまりこの機能は使いませんが、
システム原点＝CAD上の原点。
ちなみにワーク原点はどこを指しているのですか？

「保護領域をなぜシステム原点よりも＝Z方向に下げないといけないのでしょうか？」
単純に加工に幅を設定で持たせているだけだと思います。

「他3DCADで書いたときの原点の位置が保護領域になってしまうのでしょうか？」
そういうことだと思います。

「IGESファイルを読んだときにF9ででる原点がどこになるかは
どのように決まるのでしょうか？」
初めにどの位置基準（システム原点）で作図したかどうかが問題になります。
例えば基本的には自動車の場合は部品のすべてをCAD上で描きます。
車自体のある点を原点とし、どんどん部品を描いていきます。
ウチでもそうですが、金型発注を受けてデータをみるととんでもないところにシステム原点がきます。

「＞ちなみにワーク原点はどこを指しているのですか？
ヘルプをよんでいただけなのでわかりません。」
聞いている意味が分かっていないみたいですね。
ワーク原点とは加工者が加工する物に勝手に基準（原点）を決めることです。
何度もいいますが、システム原点とはCAD上で初めから決められている基準点のこと。
ワーク原点とシステム原点とは取り扱い方も違いますし、意味合いも全然違います。

「そういうデータをCAMで読み込んでこの保護領域の機能を使うと、」
CAMではありません。CADで読み込んで、CAMを使ってデータを作ります。

「システム原点がはなれすぎていたら
製品からかなりはなれたところを保護するという風になるのでしょうか？」
システム原点も含めて広い範囲で保護することになります。
ちなみにウチのCADでは保護領域と表示されるのではなく、セーフティゾーンと表示をされます。

「この機能を使う意味があまりなくなってくるということになりますか？」
意味がないわけでもありません。注意をしてCAMデータを作成できるならば必要はないと思いますが、機械的に作業を進めるならばこの機能を使うことでいくらかのトラブルは避けられると思います。

「ところで」
今まで回答を続けてきましたが、どうも理解に食い違い（行き違い）が感じられます。
私としては貴方が最低1年は仕事でマスターキャムを使っているものとして回答をしてきました。
ですが、今回の追記で思ったのですが、ひょっとして初心者ですか？
この業界に入ったのは最近ですか？
もし、そうならばこれからの回答の仕方を変える必要があります。
（追記の質問の中に業界のやり取りについての質問も含まれています。
それとフライス加工の経験はどのくらいありますか？）
出来れば貴方の実績（経験年数）を教えてください。
そして、質問をある程度絞って何がしたいのか答えください。

まず、Gコードの前に確実に言葉を覚えてください。

フライス加工の経験が2ヶ月と言うことはほとんど汎用の加工でそれも加工したことがある材料は比較的加工しやすいものと思います。
たとえCAMの使い方が完全に理解したとしてもエンドミルの加工条件が白紙ならば何も出来ません。（危険ですからすぐには加工はしないでください）
CAM上ではどんな加工でもPC上で出来ます。ですが、実際にMCなどで加工する場合はある程度の経験と勘が必要です。

初心者ということで質問を回答をしたいと思います。
システム原点の意味はもう分かったかと思います。
自動車部品のほとんどは自動車自体の設計段階である基準点を設けます。
そしてどんどん必要な部品を設計してデータに追加していきます。
金型屋にデータとして送られてくるときには一つの部品だけになっていて、基準はそのままでそのほかの部品は削除されています。
だからデータ上ではとんでもないところに製品があるということになります。
そして型屋は設計、製作しやすいように製品（データ）をCAD上のシステム原点に移動して金型データを作っていきます。
その後ワーク原点が決まっていくわけです。
マスターキャムではこのことを前提として使います。
結果、基準がシステム原点で保護領域を使い加工となるわけです。

（最後に）
マスターキャムでのGコードを見れば確かに勉強にはなります。
簡単な輪郭データであれば分かりやすくて良いと思いますが、今貴方の質問内容から察するに普通の製品データを題材にしていることと思います。
これは早すぎます。
もう少しCADの作図の練習や普通にフライス加工が出来るようになってからした方が無難です。（いろんな工具の使い方を練習する）
ちなみにいくら早い人（形状データを作る予定）でもフライス加工は1年はかかります。
CADの作図に関しても1年ぐらいかかります。（個人差があります）
時間はかかります。
一歩ずつ（順番に）無理をせずにがんばって覚えてください。

検討を祈ります。

「もらったデータを最初にCADに読み込んだときには画面上にはないくらいにはなれた位置に製品があるということでしょうか？」
そういうことも多くあると思います。

「それをCADの原点の近くになるようにシステム原点を変更するということ
でしょうか？」
システム原点を製品にあわせるのではなく、製品をシステム原点に合わせます。

「フライスの加工条件ですが、
回転数など条件を出す式がありますが、
ああいった、基本公式だけでは難しいところがあるのでしょうか？
どのような部分で条件を導くのが難しいのでしょうか？」
そうですか。このような疑問が出てきますか・・。
とりあえず貴方のフライス経験（実績）はないものと考えて加工の練習を一からしたほうが良いみたいですね。
近くにいるフライス加工の職人さんに同じことを聞いてみてください。
ちょっと呆れられるかも知れません。

文章で説明するのはあまりに時間がかかります。
というか意味がありません。
どうしてもと言うのであれば新たにここで質問をしてください。
ただし、今のような質問をすればブーイングの回答が集まるのは目に見えていますが・・。
必ず質問を絞って、尚且つ一度自分で考えてみてから質問をする。
ここではこれが当たり前です。

「工具軌跡はCAMが出しすとしてもそのとき使う工具、回転数、送り
などを自分で設定するということですよね？」
まず、フライスにはどのような工具があるか、用途は何かを調べてみてください。
そして実際に加工する。
加工条件は推奨値がカタログに記載されています。
推奨値を参考に御社の機械にあった条件を探す。
当然、ワーク（材質）によって加工条件が変わります。
ちなみにウチではSKD11、HMD5、S50C、SS400などがあり、細かく言うとすべて加工条件が違います。
工具のメーカーもメインはOSGですが、他のメーカーの工具もあり、条件は違います。
工具の種類に関してもたとえ同じメーカーでも工具が違えば条件も変わります。
その上、工具と機械の相性ということがあり、簡単に数値を変えるだけとはいかない場合が多々あります。
このすべてをある程度理解した上でCAMとなるわけです。
少しでも大変なことということは理解できましたか？

検討を祈ります。