2台のモータの同期

マイタギアボックス（ベベルギアボックス）では如何でしょうか、入力軸１軸、出力軸２軸タイプです。軸端から見て入力右回転の時には出力軸は左右になります。特型で入力軸は右、出力軸は２本共に左回転も対応できます。振動が大きい事・より位相差を小さくしたい場合はバックラッシを小さくする特型要求が必要でしょう。（ツバキエマソンで対応）
自動車でいえばディファレンシャルギアです。
振動の程度や速度の変化の有無がわかりませんが、カップリングの選定も振動・騒音・位相差に大きく影響します。

＞２台の上下振動の位相を１８０度ずらして回転できたなら振動が多少打ち消せないかと…

それならいっそう、モータを共通にし、タイミングベルト等で同期をとった方が
簡単ですよ。

又は、モータが痛みますが、今の仕様でタイミングベルト等で同期をとる方で。

>>２台を機械的に繋ぐと言う方式は、何か怖い気がします。
クランクシャフト　を使えばエンジンと一緒

メカ的にうねうねやるより
>>常識的にはサーボモータでなければ完全な同期運転は無理でしょう（高価）
サーボ　or　ステップでやったほうが
トータル的に安いと思う

電気的な同期はコストで見合わないと思います。
　慣性力を逆位相同士で相殺させる事は常識的なことで
　私の知る有名商品例をあげますと
　　富士重工業の水平対向エンジン
　　日立製作所の水平対向バランス形コンプレッサー　　など
　慣性力を水平面内対向にするか垂直面内対向にするかは機器のレイアウト
　上の問題だけです。

　本例では２台が独立したインダクションモーター駆動と思われますので
　負荷が重く回転速度が低下している側を負荷が軽い側が援護して
　負荷の平均化が計れるメリットも考えて二台を機械的に連結するのが
　好ましいと考えます。
　タイミングベルト、歯車などが良いと思います。
　また連結を切り離す必要があれば一点結合クラッチ
（商品名；ワンポイントクラッチ）などを設けておけば再連結時に安心だと思　います。
　対向させ相殺させると言っても一次加振力に関しては期待はできますが
　高次成分に関しては機器の回転方向など更に配慮が必要と思われます。

３相汎用モータをインバータで正確に回転角度を同期させて
回転させることは可能ではあります
でも、はたして真空ポンプみたいな振動の大きな機械の回転を同期させ得るか？
恐らく誰も挑戦して無いと思います
不可能を承知の上で挑戦してみては？
もしかしたら特許が取れるかも？

↓に３相モータを同期回転させる原理が説明されています
シンクロ電機
http://nippon.zaidan.info/seikabutsu/1996/00449/contents/095.htm

↓シンクロメーカ＆シンクロ変換機メーカ
http://tamagawa-seiki.com/japan/products/sensor.html
http://www.m-system.co.jp/MameChishiki/02_04/0212.html
http://www.m-system.co.jp/NewPro/News.htm
http://www.yokogawa.co.jp/MCC/juxta/m/m-2.htm
↑のはインバータにも使えますがこの事例には応答速度的に？が残ります

↓インバータメーカから出てる変換機
http://www.e-mechatronics.com/inverter/document/index.html
VSシステムモジュール
位置制御器　JGSM-06

でも、インバータでシステムを構成したとして実用にはほど遠いもので
あろうとは予想します
常識的にはサーボモータでなければ完全な同期運転は無理でしょう（高価）
インバータでは振動を抑えれる程度にはなるかも知れませんが

結論的には＃１さんのタイミングベルトで廻すほうが１番簡単だと思います
仮にどちらかが過負荷で停止したとしてももう片方で２個のポンプを
駆動するだけですから壊れる事は無いと思います
（もう片方もいずれ過負荷に成って停止するが）